平成24年、本校開校に伴い校章の制定を行いました。
 校章の制定するにあたり、まず、親子で相談しながら全児童に校章のデザインを考えてもらいました。それを校内に展示し、5月に「校内校章展」を開催しました。全児童の投票により、8点の優秀作品が選ばれ、それらの作品をもとに校内校章制定委員会で原案が作成されました。その後、何度も検討、微調整を繰り返し、完成するまで、700〜800点のデザインが作成されました。そして完成したのがこの校章です。
 校章は、平成24年11月21日の「落成式」で校歌とともに公開、制定されました。
 
 ベースとなる地球に寄り添うマークは自然を表し、「MISONO」の「M」をもとに、「区鳥の白鷺が羽ばたく姿」や「区の花ハナミズキが美しく咲く姿」がデザインされており、エコスクールとして、自然を大切にする想いが込められています。これは、未来へはばたく美園小の翼でもあります。
 また、それが3つあるのは、3つの小学校の児童が集まったこと、美園地域が、3つの村(戸塚村・大門村・野田村)から成り立ったという歴史、さいたま市103番目の小学校としての「3」に由来しています。さらにそれら3つのつながりが結束も表しています。

 シンプルなデザインの中に多くの願いが込められた校章となっています。